San pedro de Atacama, tiene un clima desértico de altura, caracterizado por bruscos cambios de temperatura, fuertes vientos, gran radiación solar, escasas lluvias (35mm anual promedio), y gran oscilación térmica entre el día y la noche. La temperatura en el verano (Diciembre - Febrero) es de 30 °C en el día y 16 °C en la noche, hay presencia de lluvias y tormentas eléctricas debido al invierno boliviano. Durante el invierno (Junio - Agosto) la temperatura es de aproximadamente 22°C en el día y 4°C en la noche. En época de primavera (Septiembre - Noviembre), existe la presencia de fuertes vientos que pueden superar los 100 Km/hr.