San Pedro de Atacama, se encuentra en la zona norte del desierto de Atacama, el más seco del mundo, rodeado de 3 cordones montañosos los que impiden el paso de vientos húmedos al sector.

Al oeste se encuentra la Cordillera de Domeyko, con una altitud de 3300 mts. de altura promedio, donde destaca el cerro Quimal (4300 m.s.n.m.). a este lado también se encuentra la Cordillera de la Sal (2300 m.s.n.m.) formada por plegamientos de la corteza terrestre y modelada por la erosión del viento y las aguas.

Al sur se encuentra el Salar de Atacama, el mayor depósito salino de Chile, donde se encuentra el 40% de las reservas mundiales de Litio. Este salar es un gran lago de aguas salinas con una corteza blanca y rugosa de sal y de sedimentos de montañas aledañas que han sido transportadas por el viento.