A partir del año 1471, el Inca Tupac Yupanqui conquistó desde el norte de Chile hasta el río Bio Bio, junto con el altiplano boliviano y el noreste argentino, de esta forma, San Pedro de Atacama formó parte de Collasuyo, uno de losa cuatro rumbos que formaron parte del imperio de los Incas (Tiwantisuyo) ...

 

Tupac Yupanqui organizó el imperio repartiendo tierras a los mitimaes (familias que fueron obligadas a migrar a este sector para ejercer orden y administración a poblados que se rebelaban).

Los Incas establecieron alianzas con los Señores Atacameños y sus centros administrativos se ubicaron fuera de los poblados atacameños, de esta forma pudieron convivir en forma pacífica ambas culturas. Establecieron un centro administrativo en Catarpe y se instalaron en Turi, Calama, Río Grande, Chiu Chiu, entre otros poblados.

El imperio inca impuso nuevas creencias religiosas como el culto al Sol, destacando el santuario en la cumbre del volcán Licancabur, la oficialización de su lengua quechua, también impusieron el sistema de Ayllo, comunidades compuestas por familias emparentadas que trabajaban la tierra en forma de cooperativa.

Después de 70 años, en 1536, se tiene noticias de que el imperio Inca ha sido conquistado por los españoles, de esta forma termina el imperio prehispánico y trae grandes cambios sociales, económicos y políticos. La cultura Incaica no logró imponerse sobre la sólida cultura atacameña, sin embargo ejercieron influencias en la cerámica, tejidos y en la practica de cultos en altas cumbres.