San Pedro de Atacama tem um clima desértico caracterizado por mudanças bruscas de temperatura, ventos fortes, grande radiação solar, chuvas escassas (média anual de 35 mm) e grande oscilação térmica entre o dia e a noite. A temperatura no verão (dezembro a fevereiro) é de 30 °C durante o dia e 16 °C à noite, com chuvas e tormentas elétricas por causa do inverno boliviano. Durante o inverno (junho a agosto), a temperatura é de aproximadamente 22°C durante o dia e 4°C à noite. Na primavera (setembro a novembro), os ventos fortes podem passar de 100 km por hora.

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